Во-первых: тебе дали абсолютно мудрый совет забыть про милку как про страшный сон.
Во-вторых: Двигать кости можно в МАКСе. К тому-же реализовано это там гораздо удобнее.
В третьих: Кости в твоём случае лучше ваще не двигать (особенно человеку неопытному). Ты изменишь положение костей у референса, а кости в анимациях останутся на прежнем месте, и в этом случае тот расколбас который устраивает твоя модель сейчас, покажется тебе праздником в детском саду.
В четвёртых: Лучше референс подгони к костям.
В пятых: Кроме несовпадения скелетов трабля (как ты её описываешь) может заключаться ещё и в ненастроенных весах вершин. И в этом случае опять таки в МАКС.
Все в МАКС!